Rođena je 27. siječnja 1242. godine u hrvatskom gradu Klisu kao deveto od desetero djece ugarsko-hrvatskog kralja Bele IV. i kraljice Marije Laskaris, koji su se u Hrvatsku sklonili pred mongolskom najezdom. Roditelji su se zavjetovali da će Margaretu u znak zahvalnosti za slobodu svoje zemlje posvetiti dragom Bogu. Tako je već 1245. godine, prije svoje četvrte godine, povjerena odgoju dominikanki u mađarskom gradu Veszpremu. U dvanaestoj godini položila je redovničke zavjete u Budimu, u samostanu što ga je na otoku Nyulak-szigete (Zečji otok), usred Dunava za nju dao sagraditi njezin otac.
Potpuno se posvetila Kristu, asketskom životu, služenju bolesnika i djelima milosrđa. Veliku blagost prema sestrama, kojima je željela služiti i u najneznatnijim stvarima, sjedinila je s nastojanjem da uspostavi mir i s neslomivom snagom da prokazuje nepravde.
Osobito je štovala svetu Euharistiju i Kristovu Muku, te pobožnost prema Duhu Svetome i Blaženoj Djevici Mariji. Rado je čitala Sveto pismo i povjeravala se svome duhovniku, dominikancu Marcelu. Posebno, čak izuzetno je poštovala sveto siromaštvo i toliko se rado odricala da je za to bila nagrađena posebnim nadnaravnim darovima. Jedna je od najvećih srednjovjekovnih mističarki toga vremena.
Svoj život prikazala je kao žrtvu za oslobođenje svoga naroda i očeva kraljevstva od agresora s Istoka, od Tatara.
Preminula je na današnji dan, 18. siječnja 1270., u dominikanskom samostanu na dunavskom otoku Margit-sziget usred Budimpešte, koji je i po njoj nazvan. Njezin su grob ubrzo počeli posjećivati brojni vjernici i hodočasnici iz raznih krajeva, a zaredala su i brojna uslišenja molitava i čuda.
Godinu dana nakon njezine smrti, njezin brat Stjepan V., ugarski kralj, zatražio je od pape Grgura X. da se pokrene proces za beatifikaciju njegove sestre. Dokumenti ovog prvog procesa nisu sačuvani. Uslijedio je drugi proces, koji je pokrenuo papa Inocent V., 1276. godine, ali su i ovi spisi nestali, a sačuvan je samo jedan primjerak u dominikanskom samostanu. U međuvremenu je puk Margaretu već počeo štovati kao sveticu. Zbog navale Turaka relikvije su ove svetice 1618. godine prenesene u Bratislavu.
